
La città sorge su una "terrazza naturale", che domina la Valle Umbra percorsa dai fiumi Chiascio e Topino e permette di vedere Assisi, Spello, Santa Maria degli Angeli, Cannara, Bevagna, Bastia, Torgiano e Perugia. Giustamente fu scelta dagli Etruschi per costruire una città: Vettona, di cui numerosi reperti archeologici, fra le quali le mura urbiche, testimoniano ancora oggi l'insediamento originario.
In epoca romana fu dapprima colonia e poi Municipium, ascritta insieme ai Tuderti (Todi) alla Tribù Clustumina, mantenne la sua importanza
socio-economica.
Nel I sec. d.C. fu evangelizzata per opera di San Crispolto, primo vescovo bettonese, poi martirizzato. Con la caduta dell'Impero Romano, nel VI sec. d.C., anche Bettona, come
buona parte dell'Italia fu devastata dalle orde barbariche: dai Goti di Totila e poi sotto il dominio bizantino e longobardo.
Nel Medioevo, libero comune, fu teatro di
furibonde lotte tra guelfi e ghibellini e, nel 1352, dopo un'eroica quanto vana resistenza, fu conquistata dai Perugini che la rasero al suolo. 

Ricostruita nel 1367 per voler del cardinale Egidio Albornoz, passò sotto il dominio dei Baglioni e nel 1648 sotto quello pontificio fino al 1860, anno in cui fu annessa al Regno d'Italia.
Quello che colpisce, prima di entrare in città, sono le
imponenti mura etrusche, ancora integre per buona parte, con le antiche porte di Santa Caterina, a nord; Pustierle ad ovest; di Quattro Porte a sud; di San Crispolto ad est.

Man mano che si procede verso il centro storico non si può non ammirare l'architettura civile delle case
trecentesche e cinquecentesche che compongono l'abitato, fino ad arrivare in Piazza Cavour e Piazza Garibaldi su cui si affacciano importanti edifici: il Palazzo Comunale, del XVI sec. (più volte rimaneggiato nel corso
dei secoli), che custodisce nella Sala Consiliare un Coro ligneo cinquecentesco (proveniente dalla chiesa di S. Antonio) e acluni dipinti del XVI e XVII sec..
Sulla destra i Palazzi Baglioni e Biancalana.
Il Palazzo Biancalana, costruito nella prima metà del XIX sec. da
Francesco Biancalana, possiede dei bellissimi soffitti lignei.
Nelle vicinanze il Palazzo del Podestà, del XIII sec., sede della Pinacoteca Comunale (con opere di Taddeo Gaddi; un "Gonfalone" del Perugino, uno "Stendardo" di Garibaldi da vedere il bel campanile cuspidato (del XIII sec.); un Organo del 1564 del cortonese Cianciulla Romani; il busto, in rame, del XVIII sec. del Santo titolare (le cui spoglie sono qui custodite) e vicino la chiesa
un bel Chiostro che conserva due immagini di "Madonna con Bambino" del XVI sec..Sempre all'interno di Bettona vi è la chiesa della Compagnia della Morte, con una voltaricca di affreschi del 1806,
opera di G. Barbaclori. 
Sul luogo del martirio, nei pressi della Badia, sarebbe stata edficata una basilica in suo onore.
Utile in molte malattie e assai diffusa in Italia, ha generato due modi di dire: "avere più virtù della betonica" e "conosciuto più della betonica".