Villa Pitignano, secondo un'ipotesi di Annibale Mariotti, storico perugino, avrebbe origini romane. Nel suo manoscritto, "Thesaurus Inscriptionum", parla di un certo "Petinius" che figura fra un elenco di Consoli e che, per ragioni militari o politiche dell'epoca, si stabilì nei pressi di Villa Pitignano, dando il nome al villaggio. Dalle ricerche fatte su varie bolle e diplomi, risulta che Villa Pitignano aveva due chiese, quella intitolata a S. Maria e quella intitolata a S. Clemente. Per quanto riguarda la prima si può dire che era l'attuale chiesa parrocchiale che fu riedificata nel 1864-1865, mentre la secondo, S. Clemente è l'attuale villa del Sig. Simonetti, anche perché risponde alle descrizioni fatte "positam in ripa fluminis" cioè posta in riva al fiume, o "iuxta Tiberim" cioè presso il fiume Tevere.
Uno degli aspetti della vita comunale di Perugia sul quale maggiormente fanno luce le riforme del 1262, è la situazione del Contado. Nel Contado di Porta S. Angelo era situata Villa Petegnani e nel Contado di Porta Sole Villa Sancte Marie Petegnani o in seguito solamente Pitignano, era situata nei pressi di S. Croce, mentre S. Maria di Petegnani, era la parrocchia quindi l'attuale paese di Villa Pitignano. 
Nella rassegna dei castelli e delle ville del territorio perugino fatta nel 1380 si vede registrata fra le ville di Porta Sole quelle di S. Maria di Pitignano, o fra le ville di Porta S. Angelo Villa Pitignano, che mancano ambedue nella famosa carta del Danti disegnata nel 1577. E' da dedurre che Pitignano o Villa di Pitignano e S. Maria di Pitignano non erano lo stesso paese o per lo meno lo stesso luogo, bensì l'uno posto sul colle dove sorge S. Croce, cioè Pitignano, e l'altro S. Maria di Pitignano era il paese vero e proprio con la chiesa intitolata a S. Maria Assunta, da cui in nome, e che tutt'ora ne conserva il titolo.

Nel 1378, questa chiesa, fu presa in cura da alcuni monaci e continuò ad essere soggetta al Monastero di S. Pietro, pagando l'annuale tributo, ridotto in questo anno ad una corba di grano. Nel 1428 vennero istituiti i capitani del contado, e sotto Porta Sole erano iscritte sia S. Maria di Pitignano che Pitignano.
 

Tratto da:
Storia di Villa Pitignano - Da Petinius ad oggi
Marco Bovini, Daniela Codini, Moreno Lazzerini, Francesco Roscini
Tip. Oricalchi - Ponte Felcino